新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
改编自山下文吾的同名漫画作品，以人兽共同存在的西顿学园为故事背景，讲述了在有着各式各样动物的西顿学园里，种族数量最少的人类少年间样人暗恋着同为人类的小瞳，却阴差阳错被北海道狼兰华所纠缠，一场动物恋爱喜剧就这样开始了。
在暑假最后一天，为挽救暑假作业，阿良良木历和忍野忍借助积聚在北白蛇神社的怪异之力试图回到一天前，但是却阴差阳错地回到了11年前的母亲节前日。历所幸在母亲节那天挽救了本应死去的八九寺真宵，并把迷路的真宵带到了母亲的家。然而，当历和小忍回到原本的时间点却发现——此时全世界的人类都成为了僵尸。事实上，无论是历和小忍回溯到的11年前，还是从11年前返回的世界，都是平行于原本世界的异世界。在这个异世界中，由于八九寺真宵没有死，也就没有幽灵真宵发现从「叡考塾」废墟出走的小忍的事（6月14日），小忍也就没有找到历，更没有机会躲进历的影子里，最后历被黑羽川杀死。历死后的小忍取回了全盛时的力量，恢复为姬丝秀忒·雅赛劳拉莉昂·刃下心。姬丝秀忒想要把全世界的人都变成她的眷属吸血鬼，然后毁灭世界。但是400年才造出两个眷属的姬丝秀忒没能成功制造出大量眷属，而是制造出处于完全暴走状态的僵尸。姬丝秀忒仅用了五天就毁灭的世界（实际上仍有少部分人幸存）。只要杀死姬丝秀忒僵尸化的人类就可以变回人类，为此影缝余弦和贝木泥舟还联手攻击姬丝秀忒，但遭全灭。看到人类灭亡之后的姬丝秀忒，选择纵身到太阳底下，但却自杀失败。当姬丝秀忒看到异世界的自己和历如此亲近时，喜极而泣，最后牺牲自己助小忍和历回到原本的世界——小忍通过吸取姬丝秀忒的血液获取了穿越时空的灵力。
魔、无头骑士、雪女、以及吸血鬼——。与我们人类略有不同，他们就是“亚人”。在最近则是被称作Demi。 这些有个性的“亚人”们，与对她们怀有深厚兴趣的高中教师·高桥铁男所展开的，稍有些刺激的心动学园亚人喜剧！
观众将前往分崩离析的中世纪王国“梦之国”，跟随贪杯的年轻公主豆豆、顽皮活跃的精灵伙伴艾福和她的恶魔卢奇展开一段惊险之旅。一路上，奇怪三人组将遇见食人魔、精灵、女妖、小魔鬼、巨怪、海象和许多愚蠢人类。
