Followed by the conclusion from before, many more affairs ensue within the land of Mewni and in the world of those influenced.
蓬莱岛，相传为古时候的神之岛，秦始皇曾派徐福及三千童男童女寻找蓬莱，以觅长生不老之方。岛上生活着人类、妖怪和半妖，他们和睦相处，自由自在。为了防止半妖受到伤害，巫女奏使用法术使蓬莱岛隐藏起来，每隔50年才会伴着浓雾出现一次。然而邪恶的四斗神趁小岛结界虚弱之际潜入，污染鸣动之窑，对岛上居民进行无情统治和屠杀。在戈薇到达战国时代的50年前，犬夜叉曾和桔梗乘船登上蓬莱，结果遭遇四斗神。在交战中，犬夜叉的力量被四斗神封印。 50年后，蓬莱岛再次出现。半妖阿蓝趁机逃出，遭到四斗神一路追杀，最后幸被犬夜叉一行救下。为了拯救岛上居民，犬夜叉、戈薇等人决定踏入蓬莱。另一方面，阿蓝的姐姐浅葱决定跳入窑中保全兄弟姐妹们的性命……
因为所在的波路中学倒闭，新学期一开始，先岛光（花江夏树 配音）和青梅竹马向井户爱花（花泽香菜 配音）以及好友比良平千咲（茅野爱衣 配音）、伊佐木要（逢坂良太 配音）转校至位于陆地的美滨中学继续学业。先岛和朋友们是生活在海底的海之民，传说很久以前人类全部始于大海，大有一部分人迷恋陆地的生活，而放弃了神赐予的“胞衣”。千百年来，陆之民和海之民在摩擦中共存，他们之间有矛盾，有误会，也有憧憬和向往。在新的学校，先岛和爱花结识了生活在海边的少年木原纺（石川界人 饰）。 来自不同的种族，少男少女别样的青春故事就此上演……
美波（高木美佑 配音）是一名高中一年级的女生，最近，她对高尔夫球运动突然产生了浓厚的兴趣，只是，美波接触高尔夫球时间并不长，所以完全是一个懵懵懂懂的状态。此时，美波结识了同校高三的遥（天海由梨奈 配音）和彩花（后藤彩佐 配音）。 美波对于高尔夫球的热情深深的吸引了遥和彩花，被这份热情所感染，两人决定帮助美波顺利的渡过新手时期。彩花性格沉着而温柔，总是在情绪上抚慰着美波，而遥则拥有非常杰出的运动天赋，是一名出色的高尔夫球运动选手。在这两人的帮助之下，美波不断的挖掘着自己的潜力，同时三个女孩之间产生了坚不可摧的友谊。
被家族断绝关系的胆小龙族之子·莱迪。他为了在生存着多种多样种族的广大世界中活下去，为了寻找让弱小的自己也能安心的住宅，而踏上了旅程。途中莱迪遭遇了勇者一行，而拯救他脱离危机的是自称不动产商的精灵·迪亚利亚…。开始一同踏上旅程的两人。究竟莱迪能否平安抵达安住之地——。龙与魔王带来的新感觉奇幻故事在此开幕！
抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的好友鹿目圆（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比（加藤英美里 配音）那里听说到魔法少女的宿命之说，不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下，小圆决定救助沙耶加，而她们即将与最强的魔女之夜（水桥香织 配音）碰面。有关魔女的前途与生命，她们走上一条凶险非常的道路…… 本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。
