《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
蓬莱岛，相传为古时候的神之岛，秦始皇曾派徐福及三千童男童女寻找蓬莱，以觅长生不老之方。岛上生活着人类、妖怪和半妖，他们和睦相处，自由自在。为了防止半妖受到伤害，巫女奏使用法术使蓬莱岛隐藏起来，每隔50年才会伴着浓雾出现一次。然而邪恶的四斗神趁小岛结界虚弱之际潜入，污染鸣动之窑，对岛上居民进行无情统治和屠杀。在戈薇到达战国时代的50年前，犬夜叉曾和桔梗乘船登上蓬莱，结果遭遇四斗神。在交战中，犬夜叉的力量被四斗神封印。 50年后，蓬莱岛再次出现。半妖阿蓝趁机逃出，遭到四斗神一路追杀，最后幸被犬夜叉一行救下。为了拯救岛上居民，犬夜叉、戈薇等人决定踏入蓬莱。另一方面，阿蓝的姐姐浅葱决定跳入窑中保全兄弟姐妹们的性命……
While Tammi gets ready to give birth to her and Rusty's child, Rusty struggles at his new job.
被镇压千年的上古魔尊东方青苍重临三界，一经复生便掀起仙魔大战，却因灵力未复被战神九渊重伤。为脱身，魔尊与司命座下小仙小兰花互换灵魂，却不想难以控制魔力的小兰花，竟失手拍死自己的仙身，两人陷入共用一个身体的窘境。无奈之下，两人踏上寻找新肉身的旅途。一路上，两人历经种种，打打闹闹中小兰花对东方青苍暗生情愫，却不知此时的东方青苍只将她当做复活上古战神赤地的工具，而平静之下一场更大的阴谋正悄然进行……
五十岚抛弃过去，为了逃离社会而移居鹿儿岛县“トカラ列岛”。在被称为“日本最后的秘境”的“火之岛”相遇的，是岛上唯一的中学生とんぼ。天真烂漫的少女，隐藏着意想不到的高尔夫才能！？以这次相遇为契机，两人的命运发生了很大的变化…。
