《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
在暑假最后一天，为挽救暑假作业，阿良良木历和忍野忍借助积聚在北白蛇神社的怪异之力试图回到一天前，但是却阴差阳错地回到了11年前的母亲节前日。历所幸在母亲节那天挽救了本应死去的八九寺真宵，并把迷路的真宵带到了母亲的家。然而，当历和小忍回到原本的时间点却发现——此时全世界的人类都成为了僵尸。事实上，无论是历和小忍回溯到的11年前，还是从11年前返回的世界，都是平行于原本世界的异世界。在这个异世界中，由于八九寺真宵没有死，也就没有幽灵真宵发现从「叡考塾」废墟出走的小忍的事（6月14日），小忍也就没有找到历，更没有机会躲进历的影子里，最后历被黑羽川杀死。历死后的小忍取回了全盛时的力量，恢复为姬丝秀忒·雅赛劳拉莉昂·刃下心。姬丝秀忒想要把全世界的人都变成她的眷属吸血鬼，然后毁灭世界。但是400年才造出两个眷属的姬丝秀忒没能成功制造出大量眷属，而是制造出处于完全暴走状态的僵尸。姬丝秀忒仅用了五天就毁灭的世界（实际上仍有少部分人幸存）。只要杀死姬丝秀忒僵尸化的人类就可以变回人类，为此影缝余弦和贝木泥舟还联手攻击姬丝秀忒，但遭全灭。看到人类灭亡之后的姬丝秀忒，选择纵身到太阳底下，但却自杀失败。当姬丝秀忒看到异世界的自己和历如此亲近时，喜极而泣，最后牺牲自己助小忍和历回到原本的世界——小忍通过吸取姬丝秀忒的血液获取了穿越时空的灵力。
自称有着大众脸的高中生一条乐（内山昂辉 配音），其实是著名流氓帮派“集英组”头目的独子，他本想过上平凡人的生活，直到一个美少女转校生桐崎千棘（东山奈央 配音）的出现，他们的命运自此向不可预料的方向发展。 这位金发碧眼的混血儿转校生，原来是美国黑帮“蜂巢”老大的千金，为了双方家族能和睦相处，一条乐和千棘必须假装成一对恋人。个性不合的二人，心不甘情不愿地开始了他们的“甜蜜”生活。在打打闹闹的交往中，千棘渐渐喜欢上了一条乐，而一条乐却一直暗恋着同班女生小野寺（花泽香菜 配音），但因为各种原因无法与之心意相通。这对校园三角恋，因为黑帮和警察的介入，越发不受控制……
蓬莱岛，相传为古时候的神之岛，秦始皇曾派徐福及三千童男童女寻找蓬莱，以觅长生不老之方。岛上生活着人类、妖怪和半妖，他们和睦相处，自由自在。为了防止半妖受到伤害，巫女奏使用法术使蓬莱岛隐藏起来，每隔50年才会伴着浓雾出现一次。然而邪恶的四斗神趁小岛结界虚弱之际潜入，污染鸣动之窑，对岛上居民进行无情统治和屠杀。在戈薇到达战国时代的50年前，犬夜叉曾和桔梗乘船登上蓬莱，结果遭遇四斗神。在交战中，犬夜叉的力量被四斗神封印。 50年后，蓬莱岛再次出现。半妖阿蓝趁机逃出，遭到四斗神一路追杀，最后幸被犬夜叉一行救下。为了拯救岛上居民，犬夜叉、戈薇等人决定踏入蓬莱。另一方面，阿蓝的姐姐浅葱决定跳入窑中保全兄弟姐妹们的性命……
