《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
改编自知名作家天蚕土豆的同名漫画《元尊》，讲述了大周王朝太子周元，遭到敌国大武王朝的戕害，圣龙气运被夺，身中怨龙毒，多年来无法修炼，命在旦夕。而少年周元，热血不息，遇少女夭夭，得天元神笔，解除桎梏，击败大武。周元发誓要夺回属于自己的一切。
故事发生在遥远的未来世界之中，地球上存在一种身体由宝石形成的宝石人形生命体，这种生命体自打一出现以来就经历着遭人掠夺的悲惨命运，如今，全世界仅剩下28人。来历不明的神秘种族“月人”出现开始掠夺宝石人，将他们残忍的制作成装饰品，不仅如此，甚至将他们加工成为武器。 十分易碎又没有韧性的磷叶石（黑泽朋世 配音）、能够释放出银色毒液的辰砂（小松未可子 配音）、向往浪漫爱情故事的钻石（茅野爱衣 配音）、潜心于战斗的圆粒金刚石（佐仓绫音 配音）、个性活泼开朗的摩根石（田村睦心 配音），为了抵抗月人的入侵，世界上仅存的宝石人们决定联手。
距今大约3万年前，地球上生活着两个高等民族——穆族和亚特兰蒂斯族。穆族人民热爱和平，以大白鲸作为图腾；亚特兰蒂斯族则以老鹰作为图腾，争强好胜，好勇斗狠。随着科学的高度发达，优渥的生活条件渐渐无法满足亚特兰蒂斯人的贪婪欲望，他们向穆族发动战争。为了避免地球灭亡，穆族和对手达成协议，即亚特兰蒂斯族从此迁至外太空，自己这一方则沉入大海，还地球以和平。 1982年，天现异相。因能源缺乏，亚特兰蒂斯族大太空大军重新飞还地球。与之相对，穆族预言者拉姆（武岡淳一 音）将大脑与大白鲸相连，构成一个强大的超级兵器。同时他们还集结了白银剑、白诚让、白鸟丽、白风信和白川学5位转生的穆族勇士。绵亘3万年的战争即将再次爆发……
在暑假最后一天，为挽救暑假作业，阿良良木历和忍野忍借助积聚在北白蛇神社的怪异之力试图回到一天前，但是却阴差阳错地回到了11年前的母亲节前日。历所幸在母亲节那天挽救了本应死去的八九寺真宵，并把迷路的真宵带到了母亲的家。然而，当历和小忍回到原本的时间点却发现——此时全世界的人类都成为了僵尸。事实上，无论是历和小忍回溯到的11年前，还是从11年前返回的世界，都是平行于原本世界的异世界。在这个异世界中，由于八九寺真宵没有死，也就没有幽灵真宵发现从「叡考塾」废墟出走的小忍的事（6月14日），小忍也就没有找到历，更没有机会躲进历的影子里，最后历被黑羽川杀死。历死后的小忍取回了全盛时的力量，恢复为姬丝秀忒·雅赛劳拉莉昂·刃下心。姬丝秀忒想要把全世界的人都变成她的眷属吸血鬼，然后毁灭世界。但是400年才造出两个眷属的姬丝秀忒没能成功制造出大量眷属，而是制造出处于完全暴走状态的僵尸。姬丝秀忒仅用了五天就毁灭的世界（实际上仍有少部分人幸存）。只要杀死姬丝秀忒僵尸化的人类就可以变回人类，为此影缝余弦和贝木泥舟还联手攻击姬丝秀忒，但遭全灭。看到人类灭亡之后的姬丝秀忒，选择纵身到太阳底下，但却自杀失败。当姬丝秀忒看到异世界的自己和历如此亲近时，喜极而泣，最后牺牲自己助小忍和历回到原本的世界——小忍通过吸取姬丝秀忒的血液获取了穿越时空的灵力。
平静的风吹过美丽的大地——阿斯特莱亚大陆。在大陆的某个角落，失去记忆的少年佑树醒了过来，照顾他的小小指引者可可萝、总是饿肚子的美少女剑士佩可莉姆、有一点冷酷的猫耳魔法少女凯露，在命运的指引下，他们创立了名为“美食殿堂”的公会。现在，佑树和她们的冒险揭幕了。
五十岚抛弃过去，为了逃离社会而移居鹿儿岛县“トカラ列岛”。在被称为“日本最后的秘境”的“火之岛”相遇的，是岛上唯一的中学生とんぼ。天真烂漫的少女，隐藏着意想不到的高尔夫才能！？以这次相遇为契机，两人的命运发生了很大的变化…。
《侠岚·决敌篇》讲述的是击败了三魂之汰后，山鬼谣挫败夜阳企图控制玖宫岭的阴谋。为了重新封印穹奇，破阵统领带领众人开始重铸被毁坏的神坠。另一方面，余下的三魂相继复活，一场围绕新铸成的神坠的神坠的争夺战就此展开。在众人的努力下，三魂全部被消灭，带着新铸成的神坠，众侠岚再次前往无极之渊。最终破阵统领牺牲了自己，成功击败穹奇，辗迟终于如愿以偿，救回了被穹奇附体的姐姐。
作为主题的“怀古”是昭和怀旧氛围和纸芝居风格的最佳搭配。这次也聘请了新的工作人员，实现了有新的魅力的作画也是看点。今晚，纸芝居艺人大叔将编织令人怀念的新都市传说。以“怀古”为主题的恐怖袭击向人们袭来。本应平常的日常，却觉得和平常不一样……讲述的奇怪的故事，让怀念的回忆变 成了新的恐怖。
新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
